在日本铁道的底部，隐藏着一座神秘的特务机关“新干线超进化研究所”，它是为了保护日本未来而建立的。但是，这个机构发现了从“漆黑的新干线”里所产生的巨型怪物，这些怪物威胁着整个世界的安全。为了对抗这些怪物，这个机构研发出了神秘的机器人——“新干线变形机器人SHINKALION”。这些机器人配合着与之契合率高的孩子们，成为了日本保卫者的最后一道防线。孩子们与机器人一起，奋不顾身地投入到与怪物的战斗中去。他们的大胆行动、勇敢无畏的精神甚至引动了神秘力量，让他们成为了最终胜利的关键。这场战斗是险象环生的，但他们只会勇往直前，因为日本的未来就掌握在他们的手中。g